Управління КЗ ЛОР “Обласний науковий ліцей” здійснює Засновник через уповноважений орган (Департамент освіти і науки ЛОДА) та директор в межах повноважень, визначених чинним законодавством України та установчими документами закладу.
Директор КЗ ЛОР “Обласний науковий ліцей” здійснює безпосереднє управління закладом освіти і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу.
Колегіальним органом управління КЗ ЛОР “Обласний науковий ліцей” є педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом України «Про загальну середню освіту» та Статутом КЗ ЛОР “Обласний науковий ліцей”.