У структурі Дрогобицького ліцею є три структурні підрозділи – Початкова школа І ступеня, що забезпечує початкову освіту, Гімназія №14 ІІ ступеня Дрогобицького ліцею, що забезпечує базову середню освіту, та Ліцей ІІІ ступеня, що забезпечує профільну середню освіту.
Початкова школа І ступеня, Гімназія № 14 ІІ ступеня і Ліцей ІІІ ступеня є структурними підрозділами Дрогобицького ліцею без статусу юридичої особи не є організаційно відокремленим і діють на підставі законодавства України, Статуту Дрогобицького ліцею та положень про структурні підрозділи Дрогобицького ліцею.
Управління Дрогобицьким ліцеєм здійснює Засновник через уповноважений орган (Відділ освіти) та директор в межах повноважень, визначених чинним законодавством України та установчими документами закладу.
Директор Дрогобицького ліцею здійснює безпосереднє управління закладом освіти і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу.
Колегіальним органом управління Дрогобицького ліцею є педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом України «Про загальну середню освіту» та Статутом Дрогобицького ліцею.